收费、转让不规范  法律法规待完善
      收费公路管理方面的问题也非常突出。调查发现，一些地方政府和交通部门把收费公路作为融资平台，违规设站、提高收费标准、将政府还贷公路随意转为经营性公路等。
       一方面，经营企业从地方政府批准的高收费期限和收费标准上获取收益，用来再投资政府指定的其他项目及弥补财政经费等；另一方面，地方政府也从包括公路等各种投资活动、企业经营收益中获得税收收入等。辽宁、湖北等16个省（市）在100条（段）公路上违规设置收费站158个，至2005年底违规收取通行费149亿元。按地方政府核定收费期限和目前收费水平测算，这些收费站点还将收费195亿多元。浙江、安徽等七省（市）提高收费标准，多征收通行费82亿多元。山东、北京等12个省（市）35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”。
      调查还发现，部分收费公路还存在经营权转让不规范的问题。审计调查106个公路经营权转让项目发现，一是地方政府越权和违规审批经营权转让项目64个，占转让项目数的60％。二是用银行贷款抵顶转让金，不仅未达到吸引社会资金参与公路建设的目的，反而让一些单位以极低的风险代价控制了巨额公路国有资产，并从中获取巨额利益。三是经营权转让程序不合规，造成国有资产损失。四是少数地方领导利用职权违规插手公路经营权转让，一些单位和个人从中牟取私利，造成国有资产流失。
      潘晓军表示，审计署已建议交通部对收费公路权益转让进行专项清查，对其中违规问题要尽快纠正，防止国有资产流失。
      相关法律法规滞后和不完善的问题凸现。与《收费公路管理条例》配套的法律法规至今尚未出台，致使该条例颁布前已建成的收费公路收费站设置过多过密、收费期限过长等问题一直未能有效解决。
      针对法律法规问题，审计署提出了十多份完善政策的建议。目前，有关部门正在积极研究，除已经出台的《进一步规范收费公路管理工作的通知》等四项法规和制度外，还将研究修改《条例》，陆续颁布《收费公路权益转让办法》《收费公路权益质押贷款管理办法》《关于逐步撤并二级公路收费站点的工作方案》等九项规章制度。

首都机场高速公路收费不合理 统贷统还不合法
      首都机场高速公路收费问题被认定为不合理但不违法。首都机场高速公路是北京市交通局利用财政资金和部分银行贷款建设的，1993年开始收费。收费三年多后，机场高速被转为上市公司在香港上市，同时重新核定30年收费期限。潘晓军表示，上述现象，全国在上世纪90年代时比较普遍，实际是把收费公路当作一种融资平台。这导致一些收费公路的收费期限过长，成为“高价公路”。当时国家对公路经营权转让的规定并不明确，上述行为虽不合理但不属违法违规。北京市政府已明确表示将采取措施，逐步解决这一问题。
      一些地方将政府还贷公路收取的部分通行费用于其他收费公路项目建设，并称之为“统贷统还”，潘晓军明确表示：这种作法不合规。出现这一问题的主要原因还是各级财政安排公路建设资金不够，而这种做法导致一些经营效益较好的公路因贷款未偿还而长期收费，把公路建设的部分责任转嫁给社会和群众。
      另外，车辆通行费被挤占挪用等混乱问题，与通行费收入不公开、不透明有关。对此，审计署建议，将收费公路的通行费收支、还贷情况及经营权转让等情况，定期向社会公告，接受群众监督，要严格收费公路的运营管理。交通部应加强对通行费的监督检查，及时纠正和处理截留挪用、违规减免、少数管理人员收入过高及各种收益流失等问题。